Al costat de la carretera que comunica Besalú amb Beuda podem trobar aquest temple dels segle XII, si bé des de finals del segle X es té constància de l’existència d’aquest lloc. La primera referència documentada del temple data de l’any 1079, en que Uralard, vescomte de Bas i la seva esposa Ermessenda van donar al monestir de Sant Victor de Marsella l’església de Sant joan les Fonts, per a que hi fundessin un cenobi benedicti, entre les que es trobava l’església de Sant Pere de Lligordà.
L’església va ser construïda amb una nau rectangular acabava en un absis semicircular sense decoració.
La volta és de canó però lleugerament apuntada i parteix d’una línia d’imposta que recorre els murs laterals del temple. L’absis va ser tancat en els segle XIV amb una interessant retaule, obra del mestre Pere Mates, on es narraven diverses escenes de la vida de Sant Pere. Destacaven dues imatges de grans dimensions de Sant Miquel i Sant Pau. Malauradament va desaparèixer abans de l’any 1933, sense que se’n conegui el seu destí.
Al costat oest s’alça un campanar, que originàriament era de cadireta, però que en el segle XVIII es va transformar en una torre de planta rectangular, a la que s’accedeix per una escala exterior, adossada al mur oest.
La porta, situada en el mur sud, té tres arcs de mig punt en gradació. En timpà té esculpida una creu en relleu. Encara es conserva part de la forja romànica i del forrellat romànic amb que estava decorada. El forrellat està acabat amb un cap de serp. Al segle XVIII va ser reformada i al 1980 es van enderrocar una edificació adossada al mur nord.
